Высшим органом управления МАСС является Совет ассоциации, в состав которого входят главы правительств республик, главы администраций краев, областей, автономных округов и председатели законодательных органов власти сибирских территорий. Сейчас, в результате объединения регионов, в МАСС входит 14 субъектов Российской Федерации. Члены Совета избирают председателя, срок полномочий которого составляет один год.
Председатель Совета организует работу Совета, председательствует на заседаниях, без доверенности представляет ассоциацию в отношениях с федеральными органами государственной власти, органами государственной власти субъектов Федерации, органами местного самоуправления, юридическими и физическими лицами, от имени ассоциации подписывает решения, протоколы, соглашения, финансовые и иные документы.
За период существования ассоциации председателями Совета избирались:
Совет собирается не реже 2-3 раз в год, посвящая свои заседания рассмотрению проблем, наиболее актуальных для Сибирского региона.
В работе Совета принимают участие полномочный представитель Президента Российской Федерации в Сибирском федеральном округе, представители региональных органов исполнительной и законодательной власти, ученые, эксперты, представители бизнеса.
Заседания Совета проходят в деловой, конструктивной обстановке, решения принимаются с учетом интересов каждого, при полном консенсусе. Исключено всякое противостояние в любых формах законодательной и исполнительной властей.